En el año 1582 llega a la Diócesis de Córdoba el obispo D. Antonio Mauricio de Pazos y Figueroa, que la regirá hasta 1586. Entre 1582 y 1583 participa en el Concilio Provincial de Toledo, en el que se recuerda a los obispos la obligación de cumplir las disposiciones tridentinas. A su vuelta a Córdoba, decide la creación de un seminario en nuestra Diócesis. Las diligencias se inician el día 9 de agosto de 1583 y concluyen el 12 de septiembre del año siguiente, lo cual quiere decir que tan sólo veinte años después de la conclusión del Concilio de Trento, el Seminario de Córdoba comienza su andadura bajo el patrocinio de San Pelagio, justamente en el solar en que actualmente está enclavado, si bien sus dimensiones debieron ser modestas en sus comienzos. El propio fundador redactó sus primeras constituciones.
Diez años después, el obispo D. Francisco de Reinoso (1597-1601) amplió el edificio y reformó su normativa. Los seminaristas cursaban los estudios de filosofía y teología en el Colegio de Santa Catalina de la Compañía de Jesús, mientras la dirección del seminario estaba encomendada a sacerdotes diocesanos.
En el siglo XVII, el seminario de San Pelagio conoce un primer periodo de esplendor, con las ampliaciones del obispo D. Francisco Alarcón (1657-1675) y la creación de las primeras cátedras de filosofía y teología por el Cardenal Salazar (1686-1706), que volvió a reformar las constituciones. En el siglo XVIII, su sobrino, el obispo D. Pedro Salazar y Góngora (1738-1742) siguió tutelando el seminario como sus predecesores. A él le tocó renovar y actualizar las normas del centro, mientras su sucesor D. Miguel Vicente Cebrián (1742-1752) amplia y mejora sus instalaciones. A finales de siglo, el obispo D. Agustín Ayestarán (1796-1805) crea la cátedra de Sagrada Escritura.
En los comienzos del siglo XIX, como consecuencia de la invasión francesa (1808-1814) el seminario permanece cerrado durante varios años, mermando considerablemente el número de seminaristas. Cuando se abre de nuevo en 1813, los alumnos eran solamente 26. Dos décadas después, el obispo D. Juan José Bonel y Orbe (1834-1845) crea las cátedras de cánones y latín, en 1836 y en 1846 respectivamente, completando de este modo el plan de estudios de la carrera eclesiástica. Unos años después el edificio del seminario es ampliado de nuevo por los obispos D. Manuel Joaquín Tarancón y Morón (1853-1857) y D. Juan Alfonso de Alburquerque (1857-1874), que además actualizó sus estatutos. En el pontificado del primero, concretamente a partir de 1853, el seminario de Córdoba gozó de la facultad de conferir el bachillerato en teología y cánones, rango que perdió unas décadas después. Por su parte, Fray Zeferino González y Díaz-Tuñón (1875-1883), obispo de grandes dotes intelectuales, orientó los estudios de filosofía y teología del seminario según los cánones neotomistas entonces florecientes. Al mismo tiempo, fundó un colegio anexo al seminario para los jóvenes aspirantes que carecían de medios económicos.
En 1878 instituyó las llamadas preceptorías de latín en distintas parroquias de la Diócesis, con el fin de facilitar el estudio de las humanidades a los candidatos al sacerdocio en sus mismos lugares de origen.
A comienzos del siglo XX, el obispo D. José Pozuelo (1898-1913) encargó a la Compañía de Jesús la atención espiritual del Seminario. En el pontificado de su sucesor, D. Ramón Guillamet (1913-1920), que renovó sus constituciones, las preceptorías de latín adquirieron su máximo desarrollo, quedando suprimidas en 1925. Unos años antes, en 1916, el obispo Guillamet encargó la dirección del seminario a la Hermandad de Sacerdotes Operarios, dejando la docencia y la organización académica en manos del clero diocesano. Los Operarios estuvieron al frente del seminario hasta 1932, año en que el obispo Pérez Muñoz encargó la dirección a los sacerdotes de la Diócesis.
Desde 1926 hasta esa fecha rigió el seminario como rector el mártir D. José María Peris Polo, beatificado por Juan Pablo II el día 1 de octubre de 1995.
Con el estallido de la Guerra Civil española (1936-1939) se inicia un periodo muy difícil para el seminario de Córdoba. Disminuyen las vocaciones, muchos seminaristas tienen que marchar a los frentes, y el edificio es transformado primero en cuartel y después en hospital de sangre. Concluida la guerra, en la que muchos sacerdotes de nuestra Diócesis dieron su vida por amor y fidelidad a Jesucristo, la escasez de clero se hace notar. El obispo D. Adolfo Pérez Muñoz (1920-1945) pidió, por ello, a la Compañía de Jesús que le ayudara a restaurar el seminario, aunque el rectorado y la administración siguieron en manos de sacerdotes seculares. Como consecuencia, sin embargo, del nombramiento del rector, D. Francisco Blanco Nájera, como obispo de Orense en 1945, también la dirección del seminario hubo de ser entregada a los Padres Jesuitas, que además se hicieron cargo de la docencia en aquellos difíciles años, prestando un servicio inestimable a nuestra Diócesis, que muchos sacerdotes cordobeses recuerdan todavía hoy con gratitud. Fueron años de un extraordinario florecimiento vocacional, de cuyos frutos todavía nos estamos beneficiando.
Las obras de ampliación y mejora del edificio del seminario que llevó a cabo el obispo Pérez Muñoz en los años de la posguerra fueron continuadas por el obispo Fray Albino González y Menéndez-Raigada (1946-1958). A él se debe la creación en 1957 del Seminario Menor de Santa María de los Ángeles, en el término municipal de Hornachuelos. En el curso 1965-1966, la Compañía de Jesús obtiene autorización del obispo D. Manuel Fernández-Conde (1959-1970) para ocuparse exclusivamente de la atención espiritual del Seminario, quedando la dirección del mismo encomendada nuevamente al clero diocesano.
En el año 1971, estando la Diócesis en período de sede vacante, los seminaristas del Seminario Menor de Hornachuelos retornan al edificio de San Pelagio, en la capital, y gran parte de los seminaristas mayores son enviados a Sevilla, para cursar sus estudios en el Centro de Estudios Teológicos, fundado por el cardenal José María Bueno Monreal en 1969.
Posteriormente, a instancias de D. José María Cirarda Lachiondo (1972-1978), que remodeló el antiguo edificio del seminario, y de D. José Antonio Infantes Florido (1978-1996), el seminario mayor San Pelagio retoma su andadura como centro afiliado a la Facultad de Teología de la Universidad de Comillas, y se erige el actual seminario menor en el barrio residencial de El Brillante. A partir del año 2000, finalmente, y por iniciativa del obispo D. Javier Martínez Fernández, el Seminario queda vinculado a la Facultad de Teología de San Dámaso, de Madrid.
El año 2008 se celebró el 425 aniversario de la fundación del seminario San Pelagio. Fue una efeméride conmemorada con mucha ilusión, mirando con agradecimiento el pasado, colmado de gracias del Señor, y contemplando con esperanza el futuro, que confiamos a la providencia de Dios, y del que esperamos muchos frutos vocacionales y de santidad sacerdotal.