Reseña histórica
La fundación del Seminario San Pelagio de la Diócesis de Córdoba se remonta al año 1583, por iniciativa del Obispo D. Antonio Mauricio de Pazos y Figueroa y la colaboración activa del Cabildo Catedral. Diez años después, el obispo D. Francisco de Reinoso (1597-1601) amplió el edificio y reformó su normativa. Los seminaristas cursaban los estudios de filosofía y teología en el Colegio de Santa Catalina de la Compañía de Jesús, mientras la dirección del seminario estaba encomendada a sacerdotes diocesanos.
En el siglo XVII, el Seminario San Pelagio conoce un primer periodo de esplendor, con las ampliaciones del obispo D. Francisco de Alarcón (1657-1675) y la creación de las primeras cátedras de Filosofía y Teología por el Cardenal Salazar (1686-1706), que volvió a reformar las constituciones. En el siglo XVIII, su sobrino, el obispo D. Pedro Salazar y Góngora (1738-1742) siguió tutelando el Seminario como sus predecesores. A él le tocó renovar y actualizar las normas del centro, mientras su sucesor D. Miguel Vicente Cebrián (1742-1752) amplía y mejora sus instalaciones. A finales de siglo, el obispo D. Agustín Ayestarán (1796-1805) crea la cátedra de Sagrada Escritura. En los comienzos del siglo XIX, como consecuencia de la invasión francesa (1808-1814), el Seminario permanece cerrado durante varios años, mermando considerablemente el número de seminaristas. Dos décadas después, el obispo D. Juan José Bonel y Orbe (1834-1845) crea las cátedras de Cánones y Latín, en 1836 y en 1846 respectivamente, completando de este modo el plan de estudios de la carrera eclesiástica. Unos años después, el edificio del Seminario es ampliado de nuevo por los obispos D. Manuel Joaquín Tarancón y Morón (1853-1857) y D. Juan Alfonso de Alburquerque (1857-1874), que además actualizó sus estatutos. En el pontificado del primero, concretamente a partir de 1853, el Seminario de Córdoba gozó de la facultad de conferir el Bachillerato en Teología y Cánones, rango que perdió unas décadas después. Por su parte, Fray Zeferino González y Díaz-Tuñón (1875-1883), obispo de grandes dotes intelectuales, orientó los estudios de Filosofía y Teología del Seminario según los cánones neotomistas entonces florecientes. Desde los inicios del siglo XX y hasta los años treinta, la formación académica y disciplinar del Seminario fue encomendada a la Hermandad de Sacerdotes Operarios. A esta Hermandad perteneció D. José María Peris Polo, que fue Rector de “San Pelagio” durante los años 1926-1932, y fue beatificado por Juan Pablo II el 1 de octubre de 1995. Durante la guerra civil española (1936-1939), el edificio del Seminario fue destinado a hospital de sangre, quedando temporalmente suspendidas sus funciones formativas y académicas. En la posguerra abrirá de nuevo sus puertas, siendo encomendada su dirección, por el Obispo D. Adolfo Pérez Muñoz (1920-1945), a la Compañía de Jesús.
A partir de los años sesenta, el Seminario de San Pelagio comienza a ser regido por el clero diocesano, pero tras la muerte del Obispo D. Manuel Fernández-Conde y García de Rebollar, en 1970, estando la Diócesis en período de sede vacante, gran parte de los seminaristas mayores son enviados a Sevilla, para cursar sus estudios en el Centro de Estudios Teológicos, fundado por el cardenal José María Bueno Monreal en 1969. Posteriormente, a instancias de D. José María Cirarda Lachiondo (1972-1978), que remodeló el antiguo edificio del Seminario, y de D. José Antonio Infantes Florido (1978-1996), el Seminario San Pelagio retoma su andadura como centro afiliado a la Facultad de Teología de la Universidad de Comillas. A partir del año 2000, finalmente, y por iniciativa del obispo D. Javier Martínez Fernández, el Seminario queda vinculado a la Facultad de Teología de San Dámaso, de Madrid.
Ante el crecimiento progresivo de los alumnos y su distinta procedencia, en el año 2005, D. Juan José Asenjo Pelegrina, obispo de la Diócesis, actual Arzobispo de Sevilla, dio entidad propia al “Centro de Estudios del Seminario Conciliar San Pelagio”, aprobando con Decreto del día 20 de junio su Reglamento Académico y sus Normas Generales Adjuntas. Este Reglamento Académico y Normas Generales fueron el fruto de un intenso trabajo por parte del Claustro de Profesores, y contó con la supervisión de la Facultad de Teología San Dámaso de Madrid.